抗菌药的监督管理手段是保障医疗安全、合理用抗菌药物、控制细菌耐药性的要紧方法，主要包含以下几个方面。
第一是抗菌药物的分级管理。依据安全性、疗效、细菌耐药性、价格等原因，将抗菌药物分为非限制用级、限制用级与特殊用级三级。非限制用级抗菌药物是经长期临床应用证明安全、有效，对细菌耐药性影响较小，价格相对较低的抗菌药物；限制用级抗菌药物是与非限制用级抗菌药物相比较，在疗效、安全性、对细菌耐药性影响、药品价格等方面存在局限性，不适合作为非限制级药物用的抗菌药物；特殊用级抗菌药物是具备明显或者紧急不好的反应，不适合随便用等特征的抗菌药物。医疗机构应当严格根据分级管理的需要，明确各级医师用抗菌药物的处方权限。
第二是抗菌药物临床应用监测与评估。医疗机构要打造抗菌药物临床应用监测规范，剖析本机构及临床各专业科室抗菌药物用状况，评估抗菌药物用适合性；对抗菌药物用趋势进行剖析，对抗菌药物不合理用状况准时采取有效干涉手段。同时，卫生行政部门也会按期或不按期组织有关专家对抗菌药物临床应用状况进行监督检查和评估。
再者是细菌耐药监测。医疗机构要根据规定拓展细菌耐药监测工作，按期发布细菌耐药信息，打造细菌耐药预警机制，采取相应手段。当主要目的细菌耐药率超越肯定比率时，要采取相应的干涉手段，如中止该类抗菌药物的临床应用，依据追踪细菌耐药监测结果，再决定是不是恢复其临床应用。
另外，处方点评规范也是关键的监督管理手段。医疗机构应当打造抗菌药物处方点评规范，对处方、医嘱进行点评，对不合理用抗菌药物的处方医师进行公示，并予以诫勉谈话；对出现抗菌药物超常处方3次以上且无正当理由的医师提出警告，限制其特殊用级和限制用级抗菌药物处方权；限制处方权后，仍连续出现2次以上超常处方且无正当理由的，取消其抗菌药物处方权。
还有，药品采购与提供管理也不容忽略。医疗机构对抗菌药物提供目录进行动态管理，清退存在安全隐患、疗效不确定、耐药紧急、性价比差和违规用的抗菌药物品种或品规。同时，严格控制抗菌药物购用品种、品规数目，保障抗菌
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